Краснодарский университет МВД России (КрУ МВД России) создан в соответствии с распоряжением Правительства Российской Федерации от 1 февраля 2006 года N° 106-Р, путем слияния Краснодарской академии МВД России с ее структурно-обособленными подразделениями (филиалами), Астраханской и Махачкалинской специальными средними школами милиции МВД России.
Данное объединение позволило более эффективно осуществлять образовательную политику и своевременно реагировать на постоянно растущие потребности в подготовке специалистов в Южном и Северо-Кавказском федеральных округах.
В настоящее время университет является одним из ведущих учебных, методических и научных центров МВД России по подготовке, переподготовке и повышению квалификации сотрудников органов и учреждений внутренних дел по специальностям и направлениям деятельности, определяемым Министерством внутренних дел России.
Вуз реализует широкий спектр образовательных услуг для различных категорий обучающихся по программам среднего, высшего и послевузовского образования в соответствии с Государственными образовательными стандартами, а также проводит научные исследования в сфере правоохранительной и других видов деятельности, входящих в компетенцию МВД России.
В июле 2007 года, в связи с 30-летием образовательного учреждения, команда альпинистов университета поднялась на восьмитысячнник К-2 (Чогори), где был поднят флаг Заявочного комитета зимней Олимпиады 2014 года в городе Сочи.
В 2011 году, в ходе реформы Министерства внутренних дел Российской Федерации, произошли структурные изменения университета: создан Северо-Кавказский институт повышения квалификации сотрудников МВД России (г. Нальчик), реорганизованы филиалы в городах Новороссийск и Ставрополь.
В связи с вхождением в состав Российской Федерации Республики Крым и города Севастополь создан Крымский филиал университета (г. Симферополь).
С апреля 2013 года по ноябрь 2014 года деятельностью Краснодарского университета МВД России руководил кандидат педагогических наук, генерал-майор полиции И.А. Калиниченко.
5 декабря 2014 года начальником Краснодарского университета МВД России назначен доктор юридических наук, профессор, генерал-майор полиции А.В. Симоненко.
В настоящее время усилия коллектива университета направлены на совершенствование учебно-материальной базы образовательного учреждения, что достигается путем создания учебных комплексов, использования современных педагогических технологий. Совершенствуется связь теоретического обучения и приобретения практических навыков. Активно расширяется спектр научных исследований ученых.
В течение ряда лет университет входит в число лучших учреждений высшего образования Краснодарского края.