Великая Отечественная война потребовала многократного увеличения врачебных кадров, столь востребованных на фронте и в тылу. Выходом из создавшегося положения стало открытие временно свернутых, а также новых медицинских институтов. По постановлению Совета Народных Комиссаров СССР от 22 мая 1943 года в Ярославле начал работу эвакуированный из Белоруссии медицинский институт, сформированный на базе Минского и Витебского медицинских институтов. Директором института был назначен профессор Минского медицинского института З.К. Могилевчик.
Менее чем за полгода удалось укомплектовать штаты преподавателей. В основном это были сотрудники из Белоруссии. Кроме того, к работе института привлекли работников местных вузов, больниц, лабораторий, практических врачей. Почти все кафедры оказались обеспеченными заведующими и минимальным штатом сотрудников. Учебный процесс обеспечивали 18 профессоров, 6 доцентов, 6 старших преподавателей, 23 ассистента.
Для института выделили здание по ул.Революционной (д. 5), занимавшееся ранее эвакогоспиталем и соседнее здание (ул. Революционная, д. 7). Здесь разместилось всё: дирекция, деканат, кафедры и даже общежитие для преподавателей и студентов. Небольшой части профессоров и доцентов удалось выделить жилплощадь.
1 октября 1943 года к занятиям приступили 665 студентов всех пяти курсов лечебного факультета. Ранее они обучались в белорусских, ленинградских, московских и других вузах, работали медсестрами в эвакогоспиталях. Студенты 1, 2, 3 и 5 курсов учились по обычному плану, четверокурсники (75 студентов) занимались по специальной программе. Лечебно-профилактические учреждения Ярославля и располагавшиеся в городе эвакуационные госпитали использовались в качестве клинических баз для студентов старших курсов. Большинство студентов параллельно с учебой по ночам работали в эвакогоспиталях.
В Ярославле Белорусский медицинский институт успел осуществить лишь один выпуск 47 врачей. 33 выпускника по распределению поехали работать в освобожденные районы Белоруссии, четверо отличников были зачислены в аспирантуру, десять выпускников по собственному желанию пошли служить врачами в Советскую Армию.
Летом 1944 года правительство приняло решение о реэвакуации Белорусского медицинского института. В Ярославле распоряжением Совета Народных Комиссаров от 15 августа 1944 года открывался новый вуз - Ярославский медицинский институт. Конечно же, всё, что осталось в наследство от Белорусского вуза, вряд ли можно назвать базой для нового института. Но деятельность его оставила глубокий след. В Ярославском медицинском институте остались многие преподаватели, работавшие в БМИ - И.М.Перельман, И.М.Верткин, А.А.Липманова, С.А.Ботвинник, И.М.Турецкий, и др. С ним же связали свою дальнейшую судьбу многие студенты, начавшие учиться в 1943 году в стенах Белорусского мединститута. Остались традиции человеческой доброты, порядочности и ответственности, со всей полнотой проявившиеся в тяжелые военные годы.
