ВШЭ создавалась как экономический вуз, поэтому первые факультеты Вышки готовили, в основном, экономистов, менеджеров и социологов. Но современное социально-экономическое образование базируется на междисциплинарности. Не только образовательные, но и исследовательские открытия и прорывы происходят на пересечении различных дисциплин и наук. На взаимодействии экономических, инженерных и гуманитарных школ основаны модели таких всемирно известных университетов, как MIT и Caltech. По этому же пути пошла Вышка.
Юристы и философы появились в университете достаточно давно. Чуть позже ВШЭ открыла историческое направление подготовки. Студенты-историки получают широкое гуманитарное образование, которое позволяет им работать не только сугубо по специальности, но и в аналитических организациях, изучающих общественное развитие. В 2014 году в ВШЭ начинают преподавать еще и историю искусств. А востоковедов из Вышки (университет готовит китаистов, японистов, арабистов и корееведов) можно одновременно считать и историками, и культурологами, и философами, и политологами.
После присоединения к ВШЭ Московского института электроники и математики в Вышку стали поступать будущие специалисты по электронной технике, телекоммуникациям, компьютерной безопасности и космическим технологиям. При участии компании «Яндекс» в университете открыт факультет компьютерных наук. Его студенты изучают программную инженерию, анализ данных и проблемы искусственного интеллекта, а также решают принципиально новые исследовательские задачи — в области big data и информационного поиска.
На стыке математики и гуманитарной науки создано направление «Фундаментальная и прикладная лингвистика». Вместе с тем в университете преподают и классическую филологию. Знания компьютерных технологий пригодятся будущим журналистам — в Вышке их обучат всем тонкостям производства и функционирования цифровых медиа. А весь учебный процесс у графических, интерьерных, веб- и других дизайнеров Вышки «завязан» на проектной деятельности под руководством «звезд» российской дизайнерской индустрии.
Своего рода пространственным «дизайном» занимается Высшая школа урбанистики НИУ ВШЭ. Пока что это единственный научно-исследовательский и образовательный центр в России, который готовит специалистов в области пространственного развития городов и регионов, а также проводит фундаментальные и прикладные городские исследования.
До 2014 года в ВШЭ было порядка 40 факультетов и отделений. Весной 2014 года начаты структурные реформы: в университете созданы «большие» факультеты («мегафакультеты»). Это аналоги институтов (высших школ), из которых состоят многие университеты мира, а в последнее время — и часть российских университетов.
Фактически речь идет не об укрупнении действующих факультетов и отделений (на их базе созданы департаменты), а об объединении их в предметные кластеры. В состав «мегафакультетов» вошли департаменты, их разновидности — школы, а также профильные научно-исследовательские центры и подразделения дополнительного образования.
«Большие» факультеты, состоящие из департаментов, управляют образовательными программами.
Новая структура университета стала частью дорожной карты повышения международной конкурентоспособности ВШЭ.
«Большие» факультеты ВШЭ: Высшая школа бизнеса (до 2020 года - Факультет бизнеса и менеджмента); Факультет компьютерных наук; Факультет экономических наук; Факультет коммуникаций, медиа и дизайна; Факультет мировой экономики и мировой политики; Факультет гуманитарных наук; Факультет социальных наук; Факультет математики; Факультет права; Факультет физики; Московский институт электроники и математики (МИЭМ). В 2018 году открылись Факультет городского и регионального развития; Факультет химии; Факультет биологии и биотехнологии, в 2019 — Факультет географии и геоинформационных технологий.
