Высшая школа экономики образовалась в 1992 году и была подведомственна Министерству экономического развития и торговли России. В 2008 году она перешла в ведомство Правительства России, а спустя год получила категорию национального исследовательского университета, что позже было зафиксировано в официальном названии университета. В 2011 году к ВШЭ присоединились три образовательных учреждения: МИЭМ, ГАСИС и Учебный центр подготовки специалистов.
Ежегодно в НИУ ВШЭ обучается более 20 тысяч человек. Основная часть учится в Москве, но большое количество студентов набирают и филиалы, расположенные в трёх городах: Санкт-Петербург, Пермь и Нижний Новгород.
Поступить в ВШЭ можно по результатам ЕГЭ или став победителем олимпиады.
Идея Школы родилась на рубеже 1980–1990 гг., когда стало ясно, что существовавшая система экономического образования в стране не соответствует требованиям новой политической и экономической ситуации. Тогда группа преподавателей экономического факультета МГУ — Евгений Ясин, Ярослав Кузьминов, Револьд Энтов, Олег Ананьин, Рустем Нуреев — после нескольких попыток внедрить основы «нормальной» экономической теории в учебные планы действующих вузов осознали необходимость построить новую экономическую школу, которая с самого начала основывалась бы на принципах мировой экономической науки. Это значило — предоставить студентам инструментарий для анализа и прогнозирования реальных процессов, научить их работать со статистикой и экономическими моделями, дать им общий язык с мировым сообществом профессионалов-экономистов.
Первой реальной попыткой создать Школу можно считать альтернативные кафедры экономической теории, организованные в МФТИ (1989–1990) и на физическом, историческом факультетах МГУ (1990–1991). Студенты могли выбирать между курсами, которые вели молодые преподаватели, вчерашние выпускники экономфака, и традиционной политической экономией. Школу этих кафедр прошли многие из тех, кто потом составил костяк ВШЭ. Там же отрабатывалась методика преподавания экономической теории в стране с переходной экономикой. Начало нового дела облегчила поддержка Фонда Сороса, предоставившего в 1989 г. годичный грант.
В 1991 г. Е. Ясиным и Я. Кузьминовым при очень активной помощи Л. Абалкина и Е. Гайдара начала «пробиваться» концепция нового государственного вуза. Первоначально он мыслился при Отделении экономики Российской Академии наук. Тогда же проект поддержки школы был предложен Комиссии Европейского Союза, грант которой дал возможность заложить основы института, соответствующего мировым стандартам экономического образования.
Высшая школа экономики была создана Постановлением Правительства России 27 ноября 1992 г. первоначально как центр подготовки магистров.